El Fantasma es una historia basada en un mundo controlado por el gran hermano, pero con la gran característica del uso de medios como el Internet para estos fines... Toda la sociedad está censada, registrada y se vigila a las personas como ratas en un laberinto.
Además, la sutileza no es una opción. En su mayoría, las fuerzas de dicha organización -que se hace llamar Custodia- utilizan la violencia brutal sin tapujos para mantener a raya el miedo de los ciudadanos.

Por otro lado, Isaac, el personaje principal de la historia. Lo más importante de este chico de 18 años es que su padre -un trabajador de Custodia- evitó su registro para convertirlo en algo así como un "fantasma". Debido a hechos de la historia, este acaba entrando en contacto con un ente paranormal. Dicha fusión inspira la creación de un superhéroe.

De esta manera, Isaac se introducirá en una enrevesada historia para desenmascarar los entresijos de Custodia. Encontrándose así con personajes tanto humildes como malvados.